Derzeit betreut die Biologische Station regelmäßig 14 Naturschutzgebiete, davon 8 FFH-Gebiete:

• Bielsteinhöhle mit Lukenloch (FFH)
• Bierberg
• Biesterberg
• Donoper Teich-Hiddeser Bent (FFH)
• Externsteine (FFH)
• Eggeosthang mit Lippischer Velmerstot (FFH)
• Emmertal (FFH)
• Knappberg
• Rotenberg-Luhbachtal (FFH)
• Schwalenberger Wald mit Salkenbruch (FFH)
• Schwarzer Bach-Sellenbach
• Tönsberg
• Rinnenberg
• Hohlsteinhöhle

In folgenden Naturschutzgebieten werden Teilflächen gepflegt:

Weitere botanisch oder zoologisch besonders wertvolle Flächen werden außerhalb der genannten NSGs in den Landschaftsplanbereichen Blomberg (Eichenberg), Horn-Bad Meinberg/Schlangen Ost (Vogeltaufe), Kalletal (Hohenhausen), Lügde (Köterberg, Kirchberg) und Schwalenberger Wald gepflegt und bewirtschaftet.